Conformément aux dispositions du Dahir portant sa création, l’IRES a un Comité d’Orientation composé de personnalités nommées par Sa Majesté Le Roi. Il est dirigé par une personnalité nommée par Sa Majesté Le Roi. Le Directeur Général dispose des pouvoirs et attributions nécessaires à la gestion de l’institut et à la réalisation de ses missions. Il assure, entre autres, une fonction stratégique visant à promouvoir le rayonnement de l’IRES sur le plan national et international

Fonctionnant en mode projet, l’institut est doté d’une organisation souple comprenant des pôles d’études, de veille stratégique et de support. A travers une approche globale et holistique, dont les maîtres-mots sont interdisciplinarité et transversalité, ce mode d’organisation permet à l’institut de fonctionner avec un effectif restreint, mais à fort potentiel, capable de piloter la réflexion stratégique.

Le personnel de l'IRES est régi par un statut qui précise les droits et les obligations de ce personnel, par les décisions du Directeur Général ainsi que par des lettres d'engagement et des lettres de mission.

Le personnel de la Direction Générale comprend des chargés de mission et un attaché d'organisation. Le personnel d'études et de veille stratégique est composé des coordinateurs de programmes et de projets d'études ainsi que des chargés d'études. Le personnel de support assure quant à lui les activités liées à la gestion des ressources humaines et financières, des systèmes d'information et de la documentation, des moyens généraux et de la coopération.